অণুবীক্ষণ যন্ত্র (Microscope) হৈছে এক বৈজ্ঞানিক উপকৰণ, যাৰ সহায়ত সূক্ষ্ম বস্তু বা জীৱৰ অংশসমূহ বঢ়াই দেখা যায়। এই যন্ত্ৰটোৱে বিশেষকৈ জীৱবিজ্ঞান আৰু চিকিৎসা বিজ্ঞানৰ ক্ষেত্ৰত বিস্তৃতভাৱে ব্যৱহাৰ কৰা হয়। অতি সৰু কণিকা, কোষ, বেক্টেৰিয়া, ভাইৰাচ আদি বস্তুক মানব চকুৰে দেখা সম্ভৱ নহয়। অণুবীক্ষণ যন্ত্ৰই এই ক্ষুদ্র বস্তুসমূহৰ আকাৰ বৃদ্ধি কৰি বিজ্ঞানীসকলক বিশদভাৱে পৰ্যালোচনা কৰাৰ সুবিধা দিয়ে।
অণুবীক্ষণ যন্ত্ৰৰ ইতিহাসত প্ৰথম উল্লেখযোগ্য নাম হৈছে আন্তনি ভান লিউৱেনহক, যিজনে ১৬৭০ চনত এই যন্ত্ৰৰ উদ্ভাৱন কৰিছিল। তেওঁ এবিধ এক-পটলীয়া অণুবীক্ষণ যন্ত্ৰ উদ্ভাৱন কৰি ক্ষুদ্র জীৱকোষ, বেক্টেৰিয়া, আৰু শুক্রাণু আদিৰ অধ্যয়ন কৰিছিল। তেওঁৰ আগৰ অণুবীক্ষণ যন্ত্ৰখনে তুলনামূলকভাৱে কম বিভাজন শক্তি (resolution) থাকিলেও, বিজ্ঞানৰ ক্ষেত্ৰত এটি নতুন যুগ আৰম্ভ কৰিছিল।
অণুবীক্ষণ যন্ত্ৰ প্ৰধানত দুটা প্ৰকাৰৰ হয়—আপটিকেল অণুবীক্ষণ যন্ত্র আৰু ইলেক্ট্ৰন অণুবীক্ষণ যন্ত্র। আপটিকেল অণুবীক্ষণ যন্ত্ৰই পোহৰৰ সহায়ত বস্তুক দেখা দিয়ে, যেতিয়া ইলেক্ট্ৰন অণুবীক্ষণ যন্ত্ৰত ইলেক্ট্ৰনৰ ধাৰা ব্যৱহাৰ কৰি অধিক সূক্ষ্ম বস্তু পৰ্যবেক্ষণ কৰা হয়। ইলেক্ট্ৰন অণুবীক্ষণ যন্ত্ৰৰ সহায়ত বহুতেই একসপৰ্ম ৰণভূমিৰ আকাৰৰ বস্তুকো বিশদভাবে দেখা যায়।
বিগত দহকাত বিজ্ঞান আৰু চিকিৎসা বিজ্ঞানৰ উন্নতিসহ বিভিন্ন গুৰুত্বপূর্ণ আৱিষ্কাৰ সম্পন্ন হৈছে এই অণুবীক্ষণ যন্ত্ৰৰ সহায়ত।